„Evropsky významné lokality chrání z velké části kulturní krajinu. Tam, kde dosavadní způsob hospodaření vedl k tomu, že se tyto cenné lokality zachovaly, není žádný důvod jej měnit." RNDr. Libor Ambrozek na tiskové konferenci 27.4.2004.
Natura 2000 je soustava chráněných území, která vytvářejí na svém území podle jednotných principů všechny státy Evropské unie. Cílem této soustavy je zabezpečit ochranu těch druhů živočichů, rostlin a typů přírodních stanovišť, které jsou z evropského pohledu nejcennější, nejvíce ohrožené, vzácné či omezené svým výskytem jen na určitou oblast. Vytvoření soustavy Natura 2000 ukládá směrnice 79/409/EHS o ochraně volně žijících ptáků ("směrnice o ptácích") a směrnice 92/43/EHS o ochraně přírodních stanovišť, volně žijících živočichů a planě rostoucích rostlin ("směrnice o stanovištích"):
V přílohách směrnice vyjmenovávají, pro které druhy rostlin, živočichů a typy přírodních stanovišť mají být lokality soustavy Natura 2000 vymezeny. Tyto typy přírodních stanovišť či druhy mohou být označené jako "prioritní" (hvězdička před názvem). Pro prioritní typy přírodních stanovišť a druhy platí přísnější kritéria ochrany než pro ostatní.
Obě směrnice byly v naší legislativě implementovány do zákona č. 114/1992 Sb., o ochraně přírody a krajiny ve znění zákona č. 218/2004 Sb.Na základě směrnice o ptácích jsou vyhlašovány ptačí oblastí a podle směrnice o stanovištích evropsky významné lokality. Dohromady ptačí oblasti a evropsky významné lokality tvoří soustavu chráněných území Natura 2000.
Za celkovou přípravu soustavy NATURA 2000 zodpovídá Ministerstvo životního prostředí, které pověřilo přípravou odborných podkladů Agenturu ochrany přírody a krajiny. Evropsky významné lokality a ptačí oblasti vyhlašuje vláda ČR.
Národní seznam evropsky významných lokalit byl schválen vládou ČR dne 22.12.2004 a uveřejněn ve sbírce zákonů jako nařízení vlády č. 132/2005 Sb. Evropská komise jej projednala v listopadu 2007 a poté byl zveřejněn v Evropském věstníku a ve Sbírce zákonů - sdělení MŽP č. 81/2008, některé lokality nebyly na evropský seznam zařazeny - sdělení MŽP č. 82/2008. Doporučení vlastníkům pozemků k uzavření tzv. smluvní ochrany - 7.5.2008.
Rozšíření národního seznamu proběhlo o dva roky později na základě nařízení vlády č. 301/2007 - panonská biogeografická oblast byla doplněna o 17 nových lokalit, do 15 stávajících lokalit byl přidán předmět ochrany. Lokalita CZ0620039 Za Dyjí byla vyřazena z národního seznamu. Rozšíření bylo schváleno Evropskou komisí - viz sdělení MŽP ze dne 26.2.2009
Příprava dalšího rozšiřování národního seznamu, tentokráte pro kontinentální oblast, probíhala v letech 2006-8. Návrh obdržel SVOL k připomínkám na začátku roku 2008 před oficiálními meziresortními jednáními od Ministerstva zemědělství. Jeho prostřednictvím jsme postoupili připomínky našich členů a stanovisko SVOL. S dotčenými vlastníky pak Ministerstvo životního prostředí jednalo a od některých svých požadavků ustoupilo. Rozšíření sítě evropsky významných lokalit o 234 nových území schválila vláda 5. října 2009 - nařízení č. 371/2009.
Tabulka postupného rozšiřování sítě Natura 2000 v Česku
| Rok vyhlášení | Počet lokalit | Rozloha v ha | Podíl na rozloze ČR v procentech |
| 2005 | 863 | 724 411,9 | 9,19 |
| 2007 | 879 | 725 422,3 | 9,19 |
| 2009 | 1 092 | zhruba 798 043 | 10,11 |
Materiál obsahující opatření nezbytná pro udržení dochovaného stavu a doporučení pro jeho zlepšení je výsledkem iniciativy SVOL a společného úsilí pracovní skupiny (2005-2006) složené ze zástupců MŽP, AOPK, LČR a SVOL, která odborně charakterizovala jednotlivé přírodní stanoviště, faktory, které je ohrožují, a priority hospodaření a ochrany. Tato směrnice by měla sloužt jak hospodářům, tak těm, kteří budou jejich činnost v území Natura 2000 monitorovat - ke stažení zde.
Publikaci, jejíž autory jsou Agentura ochrany přírody a krajiny a Ministerstvo životního prostředí, byla údajně v říjnu 2007 poskytována v rámci předjednávání lokalit navržených k doplnění do národního seznamu krajským úřadům a významným správcům a uživatelům pozemků. Je politováníhodné, že ani SVOL ani LČR nedostaly příležitost vyjádřit se k navrhovanému materiálu ve fázi přípravy, ačkoliv o to tehdejšího náměstka ministra ŽP Pojera výslovně písemně žádaly. Teprve na základě osobní intervence vedení SVOL u náměstka ministra ŽP Pelce dostal SVOL možnost podat své připomínky. Dvě byly zcela zásadní. Za prvé přepracovat úvodní část, která nerozlišovala mezi zásadami managementu stanovišť nezbytnými pro zachování současného stavu a opatřeními směřujícími ke zlepšení příp. rozšíření chráněných stanovišť. Za druhé jednoznačně uvést, kdo má navrhovaná opatření realizovat a z jajkých zdrojů budou hrazena. Požadavku SVOL bylo vyhověno. Zásady managementu ... - ke stažení zde.